Die Ausbildung findet in einem zweijährigen Vorbereitungsdienst statt. Die Landratsämter, Regierungen oder kreisfreien Städte entsenden ihre angehenden Hygienekontrolleure an die Akademie für Gesundheit und Lebensmittelsicherheit (AGL) nach Schwabach. Die Inhalte der Ausbildungen sind nicht bundeseinheitlich geregelt. An der AGL werden die Ausbildungsmodule wie folgt beschrieben:
Modul Grundlagen
(Verwaltungshandeln, medizinische und biologische Grundlagen, Epidemiologie und Gesundheitsberichterstattung, Kommunikations- und Konfliktlösungstechniken)
Modul Infektionsschutz
(Verhütung und Bekämpfung übertragbarer Krankheiten, Hygiene in medizinischen, öffentlichen und gewerblichen Einrichtungen, Infektionsepidemiologie)
Modul Umwelthygiene
(Umweltbezogener Umweltschutz, Wasserhygiene, Auswirkungen von Umwelteinflüssen auf die Gesundheit)
Prüfungen:
Jedes Modul schließt mit einer schriftlichen Prüfung (2,5 Stunden) ab. Die mündliche Prüfung findet im Anschluss an die schriftliche Prüfung des letzten Moduls statt.